Tổng cục Hải quan nhận được công văn của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh về vướng mắc thực hiện Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14. Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

1. Về phân loại hồ sơ hoàn thuế

Theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 73 Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định về phân loại hồ sơ hoàn thuế thì: Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu của từng trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế là hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

Để có cơ sở thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu, cơ quan Hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế yêu cầu doanh nghiệp xuất trình chứng từ chứng minh đã được cơ quan hải quan hoàn thuế trước đây (không bao gồm chứng từ chứng minh việc hoàn thuế của cơ quan Thuế). Trường hợp doanh nghiệp không có chứng từ đã được cơ quan hải quan hoàn thuế lần trước thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế cơ quan hải quan đang tiếp nhận được xác định là hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu và thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

2. Về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế

- Theo quy định tại khoản 3 Điều 72 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định về tiếp nhận và phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế thì:

“3. Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế thực hiện phân loại hồ sơ và thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế hoặc thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế trong trường hợp hồ sơ không đầy đủ”.

- Theo quy định tại Điều 75 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế thì:

“1. Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc thông báo chuyển hồ sơ của người nộp thuế sang kiểm tra trước hoàn thuế nếu thuộc trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 73 của Luật này hoặc thông báo không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.

…

2. Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế”

Căn cứ quy định nêu trên, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế thực hiện phân loại hồ sơ và thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế hoặc thông báo cho người nộp thuế về việc không tiếp nhận hồ sơ hoặc bổ sung hồ sơ trong trường hợp hồ sơ không đầy đủ.

Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước. Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ. Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo mẫu đính kèm.

3. Về hoàn trả tiền thuế nộp thừa

Việc xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đã được quy định tại Điều 60 Luật quản lý thuế 38/2019/QH14. Căn cứ quy định tại khoản 5 Điều 60 Luật quản lý thuế 38/2019/QH14, thì: “Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định thẩm quyền, thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại Điều này”.

Thẩm quyền, thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 131, 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 64, khoản 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.