Bộ Giao thông vận tải (Bộ GTVT) nhận được văn bản số 10603/BTC-TCT ngày 14/09/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng đối với vật tư, thiết bị nhập khẩu của Dự án đường ô tô Tân Vũ - Lạch Huyện, theo đó việc cho phép Nhà thầu sử dụng chứng từ nhập khẩu mang tên Ban Quản lý dự án 2 (Ban QLDA 2) để thực hiện việc kê khai khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào của các vật liệu, thiết bị nhập khẩu tại mục 2 của văn bản số 3070/BGTGT-TC ngày 08/04/2020 là không thực hiện được. Hiện nay, Dự án đường ô tô Tân Vũ - Lạch Huyện đang được phía Nhà tài trợ vốn JICA rất quan tâm. Để tháo gỡ vướng mắc cho Dự án, tránh các phát sinh khiếu kiện gây ảnh hưởng đến quan hệ hai nước, trên cơ sở báo cáo bổ sung của Ban QLDA2 tại văn bản số 1662/BQLDA2-PID3 ngày 30/09/2021, Bộ GTVT kiến nghị Bộ tài chính xem xét cho phép Dự án được xử lý theo phương án như sau:

1. Đối với phần thuế đã thanh toán cho nhà thầu bằng vốn NSNN: kiến nghị được xử lý như phương án đã đề xuất tại mục 1, văn bản số 3070/BGTVT-TC, cho phép được tính vào chi phí đầu tư của Dự án.

2. Đối với phần thuế chưa thanh toán cho nhà thầu bằng NSNN: đề nghị Bộ Tài chính thống nhất theo phương án bố trí vốn đối ứng để thanh toán nốt số thuế nhà thầu đã chi trả và cho phép được tính vào chi phí đầu tư của Dự án.

Bộ GTVT đề nghị Bộ Tài chính sớm nghiên cứu, có ý kiến đối với kiến nghị nêu trên của Bộ GTVT đối với Dự án đường ô tô Tân Vũ - Lạch Huyện cũng như các Dự án khác Bộ GTVT đã báo cáo tại văn bản số 3070/BGTVT-TC để các đơn vị có cơ sở tiếp tục thực hiện.