Tổng cục Thuế nhận được Công văn của Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp, Công văn của Công ty CP Thủy HS An Phú về việc xin ý kiến xử lý sau khi có kết quả giải quyết khiếu nại lần hai tại Quyết định số 1208/QĐ-TCT ngày 19/7/2018 của Tổng cục Thuế. Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Khoản 1, Điểm a; Khoản 9, Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC (sửa đổi khoản 1 Điều 4 và khoản 2 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC) quy định:....

Tại khoản 5 Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC: “Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:...

...(Xem chi tiết tại văn bản)...

Căn cứ quy định nêu trên, Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại lần hai số 1208/QĐ-TCT ngày 19/07/2018 đối với Công ty CP Thủy Hải sản An Phú. Theo đó việc phân bổ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tại vùng nuôi được xác định trên nguyên tắc tại vùng nuôi nếu doanh nghiệp hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ thì số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ sẽ được tính vào chi phí. Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT không được khấu trừ được xác định theo tỷ lệ Doanh thu cá bán ra tại vùng nuôi/Tổng doanh thu cá nuôi x Thuế GTGT tại vùng nuôi.

Cụ thể:

- Năm 2015: Trường hợp công ty không hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ tại vùng nuôi thì số thuế GTGT không được khấu trừ được xác định theo tỷ lệ Doanh thu cá bán ra tại vùng nuôi/Tổng doanh thu cá nuôi x Thuế GTGT tại vùng nuôi.

- Năm 2016: Trường hợp công ty đã tự hạch toán riêng và tính trực tiếp vào chi phí mà không kê khai khấu trừ toàn bộ thuế GTGT phát sinh tại vùng nuôi thì số thuế GTGT nêu trên sẽ được tính vào chi phí.

Yêu cầu Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp căn cứ Quyết định giải quyết khiếu nại lần hai số 1208/QĐ-TCT của Tổng cục Thuế, kiểm tra xác định công ty có hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào tại vùng nuôi hay không để xử lý theo quy định Pháp luật và Quyết định giải quyết khiếu nại.