Trả lời công văn Cục Thuế thành phố Hà Nội về việc kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp liên quan đến Công ty TNHH thương mại và xuất nhập khẩu Phương Lan (mã số thuế 0106872593), Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 8 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế GTGT;

- Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 2 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC (nêu trên) đã được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2014/TT-BTC về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ;

- Căn cứ hướng dẫn tại Điểm c Khoản 1 Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC về thuế TNDN;

- Căn cứ hướng dẫn tại Điểm a Khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế;

- Theo báo cáo của Cục Thuế thành phố Hà Nội: Năm 2017, năm 2018, Công ty đã thanh toán cho bên bán bằng tiền mặt đối với hàng hóa mua vào thuộc diện phải thanh toán qua ngân hàng, đã tổng hợp khai thuế GTGT, thuế TNDN. Ngày 06/06/2019, trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở Công ty, Công ty đã thực hiện thanh toán lại cho bên bán bằng hình thức thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa đã mua vào năm 2017, năm 2018 nêu trên và cũng được bên bán chuyển trả lại số tiền này qua ngân hàng.

Căn cứ các hướng dẫn và thông tin nêu trên, trường hợp Công ty TNHH thương mại và xuất nhập khẩu Phương Lan chưa khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có liên quan thuộc các năm 2017 và 2018 cho cơ quan thuế trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra kỳ tính thuế có liên quan tại trụ sở Công ty thì:

- Giao dịch mua bán và thanh toán tiền đã hoàn thành tại thời điểm các năm 2017 và 2018. Hạch toán kế toán, đối chiếu công nợ các năm 2017 và 2018 của Công ty sẽ không còn khoản phải trả của giao dịch nêu trên.

- Năm 2019, Công ty chuyển khoản qua ngân hàng cho người bán và được người bán chuyển trả lại bằng số tiền đã chuyển khoản thì không được coi là thanh toán cho giao dịch mua bán của các năm 2017 và 2018 nêu trên.

Do vậy, Công ty không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đối với hàng hóa mua vào thuộc diện phải thanh toán qua ngân hàng nhưng thực tế thanh toán bằng tiền mặt.