Tổng cục Thuế nhận được công văn của Cục Thuế tỉnh Đắk Nông và Công ty cổ phần thủy điện Miền Trung (EVNCHP) vướng mắc về việc kê khai, nộp thuế đối với Nhà máy thủy điện A Lưới - Chi nhánh EVNCHP và Nhà máy điện mặt trời Cư Jút - Chi nhánh EVNCHP. Về nội dung này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại Điều 2 Luật Thuế tài nguyên số 45/2009/QH12 và Thông tư 152/2015/TT-BTC về đối tượng chịu thuế tài nguyên;

- Tại điểm b khoản 3 Điều 5 Nghị định số 139/2016/NĐ-CP về khai, nộp lệ phí môn bài;

- Tại khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 23 Thông tư số 156/2013/TT-BTC về kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế tài nguyên đối với hoạt động sản xuất thủy điện;

- Tại Điều 13, khoản 1 và khoản 2 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC về nguyên tắc xác định nơi nộp thuế và cách xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp đối với người nộp thuế có cơ sở sản xuất trực thuộc đóng tại địa phương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính.

Căn cứ các quy định nêu trên và mô hình hoạt động sản xuất kinh doanh của Công ty cổ phần thủy điện Miền Trung, Tổng cục Thuế hướng dẫn việc kê khai, nộp thuế đối với Nhà máy thủy điện A Lưới và Nhà máy điện mặt trời Cư Jút của Công ty như sau:

1. Lệ phí môn bài:

Công ty cổ phần thủy điện Miền Trung thực hiện kê khai và nộp lệ phí môn bài cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Nhà máy thủy điện A Lưới và Nhà máy điện mặt trời Cư Jút theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 5 Nghị định 139/2016/NĐ-CP.

2. Thuế thu nhập doanh nghiệp:

Về việc nộp thuế TNDN của cơ sở hạch toán phụ thuộc đang trong thời gian hưởng ưu đãi thuế TNDN, căn cứ quy định pháp luật thuế TNDN, Tổng cục Thuế đã có công văn số 2352/TCT-CS ngày 30/05/2016 trả lời Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi đồng thời gửi Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hướng dẫn thực hiện.

Do đó, trường hợp Công ty cổ phần thủy điện Miền Trung có 02 chi nhánh (Nhà máy thủy điện A Lưới và Nhà máy điện mặt trời Cư Jút) hạch toán phụ thuộc và đang trong thời gian hưởng ưu đãi thuế TNDN thì EVNCHP thực hiện khai thuế TNDN tập trung tại trụ sở chính (tỉnh Đà Nẵng) và xác định số thuế nộp tại tỉnh Thừa Thiên Huế, tỉnh Đắc Nông theo hướng dẫn tại công văn số 2352/TCT-CS ngày 30/05/2016 nêu trên. Đối với phần chi phí quản lý doanh nghiệp không tách riêng được, EVNCPH phân bổ cho từng chi nhánh theo tỷ lệ phần trăm doanh thu của từng chi nhánh so với tổng doanh thu của công ty trong kỳ tính thuế.

3. Thuế tài nguyên:

- Đối với Nhà máy thủy điện A Lưới, Công ty cổ phần thủy điện Miền Trung kê khai, nộp thuế tài nguyên tại tỉnh Thừa Thiên Huế theo mẫu số 03/TĐ-TAIN ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.

- Đối với Nhà máy điện mặt trời Cư Jút sản xuất điện từ năng lượng mặt trời không thuộc đối tượng chịu thuế tài nguyên theo quy định của Luật Thuế tài nguyên nên Công ty cổ phần thủy điện Miền Trung không phải kê khai, nộp thuế tài nguyên đối với Nhà máy điện mặt trời Cư Jút theo quy định của pháp luật.

4. Thuế giá trị gia tăng:

Công ty cổ phần thủy điện Miền Trung thực hiện kê khai thuế GTGT đối với Nhà máy điện mặt trời Cư Jút và Nhà máy thủy điện A Lưới tại trụ sở chính (thành phố Đà Nẵng) và xác định riêng số thuế GTGT phát sinh phải nộp của từng nhà máy để nộp vào kho bạc địa phương nơi có nhà máy sản xuất điện (tỉnh Đắk Nông, tỉnh Thừa Thiên Huế), số thuế GTGT phát sinh phải nộp từng nhà máy được xác định bằng số thuế GTGT đầu ra trừ (-) số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất điện tương ứng tại từng nhà máy. Đối với số thuế GTGT đầu vào liên quan đến chi phí quản lý doanh nghiệp phát sinh tại văn phòng Đà Nẵng không thể tách riêng được Công ty thực hiện phân bổ cho từng chi nhánh theo tỷ lệ phần trăm doanh thu của từng chi nhánh so với tổng doanh thu của công ty trong kỳ tính thuế.

Từ ngày 1/7/2020 đề nghị Cục Thuế tỉnh Đắk Nông hướng dẫn đơn vị thực hiện kê khai, nộp thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và các văn bản hướng dẫn thi hành.