Trả lời Liên danh JKT hỏi về việc hoàn thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết của dự án xây dựng đường sắt đô thị Hà Nội, Cục Thuế TP Hà Nội có ý kiến như sau:

- Tại Điều 16 Thông tư 181/2013/TT-BTC hướng dẫn thực hiện chính sách thuế và ưu đãi thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức ODA và nguồn vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ quy định Hiệu lực thi hành:...

- Tại Khoản 3 Mục III Thông tư 123/2007/TT-BTC hướng dẫn thực hiện chính sách thuế và ưu đãi thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức ODA quy định Chính sách thuế và các ưu đãi về thuế:...

- Tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC về khấu trừ thuế GTGT đầu vào:...

- Tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT:...

- Tại Khoản 10, Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC và Thông tư số 151/20147TT-BTC) về Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:...

...(Xem chi tiết tại văn bản)...

Căn cứ các quy định trên và theo trình bày của đơn vị tại công văn hỏi, Cục Thuế TP Hà Nội có ý kiến như sau:

1. Về áp dụng văn bản quy phạm pháp luật:

Dự án được cấp có thẩm quyền (Bộ Giao thông vận tải) phê duyệt tại Quyết định 2469/QĐ-BGTVT ngày 25/8/2009 (trước ngày Thông tư 181/2013/TT-BTC có hiệu lực thi hành). Do đó, chính sách thuế áp dụng đối với Dự án thuộc diện điều chỉnh của Thông tư số 123/2007/TT-BTC cho đến khi kết thúc dự án theo quy định tại Điều 16 Thông tư 123/2007/TT-BTC nêu trên.

2. Về chính sách thuế áp dụng:

- Nhà thầu chính (Liên danh JKT) cung cấp hàng hoá, dịch vụ cho Chủ dự án ODA vay không được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào đã trả khi mua hàng hoá, dịch vụ để thực hiện hợp đồng ký với Chủ dự án ODA vay theo diện hoàn thuế GTGT đối với dự án ODA theo quy định tại điểm 3.3 Khoản 3 Mục III Thông tư 123/2007/TT-BTC.

- Trường hợp Nhà thầu chính (Liên danh JKT) thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có số thuế GTGT đầu vào phát sinh từ tháng 2/2014 đến trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 đối với trường hợp kê khai theo tháng hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 đối với trường hợp kê khai theo quý của hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho dự án thì được khấu trừ và xem xét hoàn thuế GTGT theo diện hoàn thuế với trường hợp có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết của lũy kế sau ít nhất 12 tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc ít nhất 4 quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết theo quy định tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

- Kể từ kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc từ kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý), trường hợp nhà thầu JKT có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì không được xem xét hoàn thuế mà được khấu trừ vào kỳ kế tiếp theo quy định tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC.

Đề nghị Liên danh JKT căn cứ tình hình thực tế, đối chiếu với các quy định pháp luật theo từng thời kỳ để thực hiện đúng quy định.