Cục Thuế xuất nhập khẩu nhận được công văn của Công ty TNHH MTV Anh Pháp Việt về việc hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu đã tái xuất khẩu sang nước thứ ba. Về vấn đề này, Cục Thuế xuất nhập khẩu có ý kiến như sau:

Căn cứ khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 về tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;

Căn cứ điểm a khoản 1, khoản 4 và khoản 5 Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC quy định như sau:

“1. Tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu là nộp thừa trong các trường hợp:

a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp (bao gồm cả thuế giá trị gia tăng đã nộp đối với hàng hóa đã nhập khẩu nhưng tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan; hàng hóa đã xuất khẩu nhưng nhập khẩu trở lại Việt Nam; hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định, sau đó đã thực tế xuất khẩu sản phẩm) đối với từng loại thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau; hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo; hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; trừ trường hợp không được miễn xử phạt do đã thực hiện quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 111 Luật Quản lý thuế;

……

4. Thẩm quyền quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: Cơ quan hải quan nơi có phát sinh tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định.

5. Số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa được xử lý đồng thời với hoàn thuế nhập khẩu (nếu có) và thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 132 Thông tư này”.

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó tái xuất sang nước thứ ba, tờ khai xuất khẩu đăng ký trước ngày 01/07/2016, cơ quan hải quan thực hiện xử lý tiền thuế GTGT thực hiện hoàn trả số thuế GTGT đã nộp tại khâu nhập khẩu theo quy định về xử lý tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa.