Trả lời Công ty Trigon Associates, LLC về hồ sơ, thủ tục miễn thuế nhập khẩu theo điều ước quốc tế, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

1. Về hồ sơ miễn thuế

Căn cứ khoản 4 Điều 29 Nghị định 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ về hồ sơ miễn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo điều ước quốc tế quy định: “Hồ sơ hải quan thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan; đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo điều ước quốc tế, người nộp thuế nộp thêm:

a) Điều ước quốc tế: 01 bản chụp xuất trình bản chính để đối chiếu, khi nộp hồ sơ miễn thuế lần đầu;

b) Hợp đồng ủy thác, hợp đồng cung cấp hàng hóa theo văn bản trúng thầu hoặc văn bản chỉ định thầu ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu đối với trường hợp nhập khẩu ủy thác, đấu thầu: 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan”.

Căn cứ khoản 3 Điều 3 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 2 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính quy định: “Trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy hoặc chứng từ thuộc hồ sơ hải quan theo quy định là bản chụp thì người khai hải quan, người nộp thuế có thể nộp bản chính hoặc bản chụp các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan. Trường hợp bản chụp hoặc các chứng từ do người nước ngoài phát hành bằng hình thức điện tử, thư điện tử, fax, telex hoặc các chứng từ, tài liệu do người khai hải quan, người nộp thuế phát hành thì người khai hải quan, người nộp thuế phải xác nhận, ký tên, đóng dấu và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của các chứng từ đó. Trường hợp bản chụp có nhiều trang thì người khai hải quan, người nộp thuế xác nhận, ký tên, đóng dấu lên trang đầu và đóng dấu giáp lai toàn bộ văn bản”.

Căn cứ các quy định nêu trên, người khai hải quan, người nộp thuế thực hiện xác nhận, ký tên, đóng dấu và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của bản chụp điều ước quốc tế cung cấp cho cơ quan hải quan trong trường hợp không xuất trình được bản chính điều ước quốc tế để đối chiếu.

Hợp đồng dịch vụ giữa USAID và Trigon không thể hiện chi tiết giá cho phần hàng hóa, thiết bị cần thiết để thực hiện dịch vụ, đồng thời cũng không quy định “giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu” nên chưa đáp ứng quy định về hồ sơ miễn thuế tại khoản 4 Điều 29 Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

Hồ sơ miễn thuế theo điều ước quốc tế do Tổng cục Hải quan tiếp nhận và xử lý.

2. Về danh mục hàng hóa miễn thuế

a) Căn cứ quy Điều 5 Hiệp định về hợp tác kinh tế và kỹ thuật giữa Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ Hợp chủng quốc Hoa Kỳ ký ngày 22/6/2005 (Hiệp định ngày 22/6/2005) quy định về việc miễn các loại thuế nhập khẩu theo các luật hiện hành của Việt Nam đối với bất kỳ hàng tiếp tế, nguyên vật liệu, thiết bị, hàng hóa, tài sản, dịch vụ hoặc tiền viện trợ được nhập khẩu vào hoặc xuất khẩu từ Việt Nam để thực hiện các chương trình, dự án hoặc hoạt động được Chính phủ Hoa Kỳ tài trợ theo Hiệp định này.

Căn cứ khoản 1 Điều 29 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định: “Trường hợp điều ước quốc tế không quy định cụ thể chủng loại, định lượng miễn thuế thì Bộ Tài chính thống nhất với Bộ Ngoại giao báo cáo Thủ tướng Chính phủ quyết định chủng loại và định lượng hàng hóa miễn thuế”.

Do Hiệp định ngày 22/6/2005 không quy định chủng loại, hàng hóa miễn thuế nên căn cứ quy định nêu trên, chủ dự án xây dựng danh sách hàng hóa đề nghị miễn thuế nhập khẩu, lấy ý kiến của cơ quan chủ quản dự án về việc các hàng hóa dự kiến nhập khẩu thuộc danh sách là phù hợp với quy định tại Điều 5 Hiệp định ngày 22/6/2005, có số lượng và chủng loại phù hợp với mục tiêu, quy mô của dự án trước khi gửi danh sách hàng hóa đề nghị miễn thuế nhập khẩu theo điều ước quốc tế đến Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) để thống nhất với Bộ Ngoại giao báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định về chủng loại và định lượng hàng hóa miễn thuế.

b) Sau khi Thủ tướng Chính phủ phê duyệt về chủng loại, định lượng hàng hóa được miễn thuế theo điều ước quốc tế và Tổng cục Hải quan có văn bản thông báo về chủng loại, định lượng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt thì người đề nghị miễn thuế thực hiện cung cấp danh mục hàng hóa cho Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để được cấp Phiếu theo dõi trừ lùi hàng hóa nhập khẩu miễn thuế.

3. Về thủ tục hoàn thuế

Căn cứ khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định: “Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt”.

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp hàng hóa nhập khẩu của Công ty thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu nhưng Công ty đã nộp thuế nhập khẩu thì số tiền thuế nhập khẩu đã nộp được xử lý theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, khoản 64 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC.