Tổng cục Hải quan nhận được công văn của Công ty TNHH Sei Optifrontier Việt Nam đề nghị hướng dẫn hoàn thuế cho doanh nghiệp chế xuất. Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

Căn cứ khoản 1 Điều 30 Nghị định số 82/2018/NĐ-CP quy định: Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất được áp dụng quy định đối với khu vực hải quan riêng, khu phi thuế quan trừ các quy định riêng áp dụng đối với khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu. Doanh nghiệp chế xuất được quy định trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc trong văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền trong trường hợp không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Cơ quan đăng ký đầu tư có trách nhiệm lấy ý kiến cơ quan hải quan có thẩm quyền về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc xác nhận bằng văn bản cho nhà đầu tư.

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp cơ quan hải quan chưa có ý kiến về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan của doanh nghiệp thì Công ty chưa được hưởng chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan theo quy định tại khoản 1 Điều 30 Nghị định số 82/2018/NĐ-CP.

Để xử lý vướng mắc của doanh nghiệp, tại Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 134/2016/NĐ-CP đang quy định theo hướng:

- Tại khoản 3 Điều 28a dự thảo Nghị định quy định: Nhà đầu tư thực hiện dự án đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng) được áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan theo quy định của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu kể từ thời điểm được cấp/điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Quyết định chủ trương đầu tư nếu trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc hoặc Quyết định chủ trương đầu tư quy định là doanh nghiệp chế xuất.

- Tại khoản 7 Điều 28a dự thảo Nghị định quy định: Các trường hợp nêu tại khoản 5, khoản 6 Điều này chưa được áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm cấp/điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Quyết định chủ trương đầu tư và các trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế đối với hàng hóa nhập khẩu trước thời điểm được cơ quan hải quan có văn bản xác nhận về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định tại khoản 1 Điều 30 Nghị định 82/2018/NĐ-CP, sau khi doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định tại khoản 1 Điều này doanh nghiệp được xử lý số tiền thuế đã nộp theo quy định về xử lý tiền thuê nộp thừa của pháp luật về quản lý thuế.

Do đó, kể từ thời điểm Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được ban hành có hiệu lực, Công ty liên hệ với cơ quan hải quan để được xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.