Trả lời công văn về hoàn thuế giá trị gia tăng hàng xuất khẩu, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ các quy định tại:

- Khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

…

2. Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan. Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không vi phạm pháp luật về thuế, hải quan trong thời gian hai năm liên tục; người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế.”

- Khoản 3 Điều 3 Thông tư số 130/2016/TT-BTC về hoàn thuế:...

- Điều 2 Thông tư số 25/2018/TT-BTC về hoàn thuế GTGT:...

...(Xem chi tiết tại văn bản)...

- Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC về nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:

“1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.”

Căn cứ các quy định trên và theo trình bày của Cục Thuế tỉnh Tây Ninh: Trường hợp Công ty vừa có hoạt động sản xuất cao su để xuất khẩu và bán nội địa, vừa có hoạt động bán nội địa xăng dầu và đường, vừa có dự án đầu tư xây dựng Nhà máy Đường thuộc Chi nhánh 3 của Công ty, Công ty thực hiện theo dõi, ghi chép sổ sách và hạch toán riêng tình hình sản xuất kinh doanh từng ngành nghề của các Chi nhánh. Công ty lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng từ tháng 11/2018 đến tháng 4/2019 theo trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng đối với mặt hàng cao su xuất khẩu thì:

- Trường hợp Công ty không có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của mặt hàng cao su xuất khẩu sau khi bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hàng hóa tiêu thụ nội địa còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì Công ty không được hoàn thuế đối với mặt hàng cao su xuất khẩu.

- Dự án đầu tư xây dựng Nhà máy Đường đã đi vào hoạt động và phát sinh doanh thu từ tháng 12/2017, Công ty hạch toán riêng được tình hình sản xuất kinh doanh của từng ngành nghề thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư xây dựng Nhà máy Đường không được tính, phân bổ để xác định số thuế giá trị gia tăng đầu vào phục vụ xuất khẩu.