Trả lời Công ty TNHH Mercafe Việt Nam về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) vãng lai 1% đã nộp theo Quyết định số 1385/QĐ-CT ngày 03/06/2013 của Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế đối với Chi nhánh tại tỉnh Lâm Đồng, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Liên quan đến vướng mắc của Công ty, Tổng cục Thuế đã có: Công văn số 716/TCT-KK ngày 03/03/2017 gửi Công ty, Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng và tỉnh Đồng Nai về việc hoàn thuế GTGT; Công văn số 3860/TCT-KK ngày 25/08/2017 gửi Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng và tỉnh Đồng Nai về việc vướng mắc khi thực hiện Công văn số 716/TCT-KK nêu trên.

Trên cơ sở báo cáo của Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng, Cục Thuế tỉnh Đồng Nai và Công ty tại cuộc họp ngày 24/10/2019 tại Tổng cục Thuế đã thống nhất: từ tháng 10/2011 đến cuối tháng 12/2012 (trong thời kỳ phạm vi thanh tra, kiểm tra của Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng), Chi nhánh được giao nhiệm vụ thu mua cà phê lụa trên địa bàn tỉnh Lâm Đồng và giao cho Đối tác của Công ty tại tỉnh Lâm Đồng để chế biến cà phê lụa thành cà phê nhân; Công ty trực tiếp ký hợp đồng, xuất hóa đơn, thanh toán cho khách hàng, thực hiện hạch toán kế toán và kê khai thuế GTGT tập trung tại trụ sở chính. Quá trình hoạt động, do đối tác không thực hiện đúng các điều khoản trong Hợp đồng, Chi nhánh đã trực tiếp thực hiện công việc chế biến tại Lâm Đồng và chuyển hàng hóa bằng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ về Công ty tiếp tục sản xuất để xuất khẩu. Theo đó, nghĩa vụ thuế GTGT của Chi nhánh được thực hiện theo quy định tại Điểm d Khoản 1 Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP. Do trụ sở chính của Công ty tại tỉnh Đồng Nai không phát sinh số thuế GTGT phải nộp (Công ty xuất khẩu toàn bộ ra nước ngoài) nên Công ty không phải tính, phân bổ nộp thuế GTGT cho Chi nhánh tại tỉnh Lâm Đồng.

Đối với số thuế GTGT Công ty đã nộp theo Quyết định số 1385/QĐ-CT của Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng nêu trên, Công ty được đề nghị Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng giải quyết hoàn nộp thừa theo quy định hiện hành.