Trả lời về việc lập hóa đơn GTGT, kê khai và nộp thuế GTGT khi mua bán Dự án thủy điện, Cục Thuế TP Hà Nội có ý kiến như sau:

- Căn cứ Điều 45 Luật Đầu tư 67/2014/QH13 về chuyển nhượng dự án đầu tư:

...(Xem chi tiết tại văn bản)...

- Căn cứ Khoản 4 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC quy định các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT:

"4. Tổ chức, cá nhân chuyển nhượng dự án đầu tư để sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp, hợp tác xã.

Ví dụ 18: Công ty cổ phần P thực hiện dự án đầu tư xây dựng Nhà máy sản xuất cồn công nghiệp. Đến tháng 3/2014, dự án đầu tư đã hoàn thành được 90% so với đề án thiết kế và giá trị đầu tư là 26 tỷ đồng. Do gặp khó khăn về tài chính, Công ty cổ phần P quyết định chuyển nhượng toàn bộ dự án đang đầu tư cho Công ty cổ phần X với giá chuyển nhượng là 28 tỷ đồng. Công ty cổ phần X nhận chuyển nhượng dự án đầu tư trên để tiếp tục sản xuất cồn công nghiệp. Công ty cổ phần P không phải kê khai, nộp thuế GTGT đối với giá trị dự án chuyển nhượng cho Công ty cổ phần X."

- Căn cứ Khoản 3, Điều 20 Thông tư số 39/2014/TT-BTC về xử lý đối với hóa đơn đã lập:...

...(Xem chi tiết tại văn bản)...

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty CP đầu tư và xây lắp Sông Đà (Bên bán) chuyển nhượng dự án đầu tư Nhà máy Thủy điện Mường Sang 3 cho Công ty Cổ phần Trường Phúc Lộc Tây Bắc (Bên mua) (Dự án đầu tư đã được UBND tỉnh Sơn La cấp giấy chứng nhận đầu tư) theo đúng quy định của pháp luật thuộc trường hợp quy định tại Khoản 4, Điều 5 Thông tư 219/2013/TT-BTC thì Công ty CP đầu tư và xây lắp Sông Đà không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng đầu ra đối với phần giá trị chuyển nhượng dự án đầu tư này.

Trường hợp Bên bán đã kê khai số thuế GTGT theo hóa đơn xuất cho Bên mua thì bên bán, bên mua thực hiện điều chỉnh hóa đơn đã lập theo hướng dẫn tại Khoản 3, Điều 20, Thông tư 39/2014/TT-BTC và kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu ra, thuế GTGT đầu vào tương ứng. Số thuế bên bán đã nộp được coi là nộp thừa và được xử lý theo Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.