Tổng cục Thuế nhận được công văn của Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu về việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư Nhà máy Phú Mỹ 3 của Công ty Cổ phần Gas Việt Nhật. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Căn cứ Khoản 3 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 130/2016/TT-BTC):

“3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

…

Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.

…”

- Căn cứ điểm c Khoản 3 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC:

“3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ

…

Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.”

- Căn cứ Khoản 2 Điều 10 Thông tư số 99/2019/TT-BTC về lập, gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT:

“Chi nhánh, đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế theo quy định tại Khoản 1 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 và không phải là đơn vị kế toán lập báo cáo tài chính theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Luật Kế toán số 88/2015/QH13, khi đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định của pháp luật về ủy quyền.”

Theo các căn cứ nêu trên: Trường hợp Công ty có trụ sở chính tại tỉnh Đồng Nai và có dự án đầu tư “Nhà máy Phú Mỹ 3” tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu; Công ty thành lập Công ty CP Gas Việt Nhật - Chi nhánh khu công nghiệp chuyên sâu Phú Mỹ 3 (sau đây gọi tắt là Chi nhánh) tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu để thay mặt Công ty thực hiện dự án đầu tư và thực hiện các thủ tục hoàn thuế đối với dự án đầu tư nêu trên; Chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Chi nhánh lập hồ sơ khai thuế, hồ sơ đề nghị hoàn thuế riêng đối với dự án đầu tư nêu trên với cơ quan thuế quản lý trực tiếp Chi nhánh (Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu).

Số thuế GTGT đầu vào phục vụ dự án đầu tư được hoàn thuế phải đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế theo quy định của pháp luật thuế GTGT và pháp luật quản lý thuế.