Tổng cục Thuế nhận được công văn của Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh về việc hoàn thuế GTGT dự án đầu tư. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại Điều 45 Luật doanh nghiệp 68/2014/QH13 quy định:

“Điều 45. Chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh của doanh nghiệp

1. Chi nhánh, là đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, có nhiệm vụ thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng của doanh nghiệp kể cả chức năng đại diện theo ủy quyền. Ngành, nghề kinh doanh của chi nhánh phải đúng với ngành, nghề kinh doanh của doanh nghiệp. ”

- Tại điểm d Khoản 1 và điểm c Khoản 3 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC hướng dẫn kê khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư như sau:

“1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế

…

d) Trường hợp người nộp thuế kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có cơ sở sản xuất trực thuộc (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu đóng trên địa bàn cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì:

Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc có hạch toán kế toán thì phải đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi sản xuất, khi điều chuyển bán thành phẩm hoặc thành phẩm, kể cả xuất cho trụ sở chính phải sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng làm căn cứ kê khai, nộp thuế tại địa phương nơi sản xuất.

Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán thì người nộp thuế thực hiện khai thuế tại trụ sở chính và nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc, số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 5%) trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra. Việc xác định doanh thu của sản phẩm sản xuất ra được xác định trên cơ sở giá thành sản phẩm hoặc doanh thu của sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất.

…

3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ

…

Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.”

- Tại điểm 3 Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư:

“3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

…

b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối

đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.”

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty cổ phần Hanacans có trụ sở tại tỉnh Bắc Ninh và do Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh trực tiếp quản lý, đang hoạt động, áp dụng phương pháp tính thuế GTGT khấu trừ. Công ty có dự án đầu tư mới “Dự án sản xuất vỏ lon và lon hoàn thiện đối với các lon giải khát bằng nhôm” tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu. Công ty thành lập Công ty cổ phần Hanacans - Chi nhánh Bà Rịa - Vũng Tàu với mục đích quản lý dự án đầu tư nêu trên, Chi nhánh đã đăng ký thuế tại tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu và đã được cấp mã số thuế nhưng quá trình thực hiện, Chi nhánh không trực tiếp quản lý dự án, mọi hợp đồng, hóa đơn đều do Công ty thực hiện và kê khai thuế GTGT đầu vào của dự án. Công ty lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư trên tại Cục thuế tỉnh Bắc Ninh.

Trường hợp tương tự, Tổng cục Thuế đã có công văn số 3808/TCT-CS ngày 08/10/2018 trả lời Cục Thuế tỉnh Long An và công văn số 4760/TCT-KK ngày 20/11/2019 trả lời Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi. Đề nghị Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh căn cứ các quy định về hoàn thuế GTGT hiện hành, tham khảo hướng dẫn tại công văn số 3808/TCT-CS ngày 08/10/2018, công văn số 4760/TCT-KK ngày 20/11/2019 và tình hình thực tế tại đơn vị để xử lý theo đúng quy định.

Từ ngày 01/07/2020, đề nghị Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh hướng dẫn Công ty thực hiện kê khai, nộp thuế và hoàn thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và các văn bản hướng dẫn thi hành.