Tổng cục Thuế nhận được công văn của Công ty TNHH Lian Ta Hsing Việt Nam vướng mắc về chính sách thuế khi chuyển đổi từ doanh nghiệp chế xuất (DNCX) sang doanh nghiệp thông thường không hưởng chính sách DNCX. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại tiết a Khoản 54 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC Sửa đổi, bổ sung Điều 78 Thông tư số 38/2015/TT-TC về thủ tục hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu nhập khẩu:

"Điều 78. Xử lý tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu khi doanh nghiệp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chế độ chính sách doanh nghiệp chế xuất và ngược lại

1. Trường hợp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chính sách DNCX. ;

a) DNCX thực hiện xác định tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu chưa nộp thuế còn tồn kho và đề xuất biện pháp xử lý như chuyển mục đích sử dụng, bán, biếu, tặng, tiêu hủy tại Việt Nam hoặc xuất khẩu ra nước ngoài với cơ quan hải quan. DNCX có trách nhiệm thực hiện thủ tục hải quan tương ứng theo từng biện pháp xử lý số tài sản, hàng hóa này với cơ quan hải quan trước thời điểm được cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi;

b) Thời điểm xử lý và xác định tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu thực hiện trước khi doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi".

- Tại Khoản 20 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

" ...Hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuê quan với nhau.

Khu phi thuế quan bao gồm: Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu kinh tế khác được thành lập và được hưởng các ưu đãi về thuế như khu phi thuế quan theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa giữa các khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu ".

- Tại Điều 14 và Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn về nguyên tắc và điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

- Tại Khoản 4 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại điểm b khoản 12 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC) hướng dẫn về hoàn thuế GTGT.

Căn cứ các quy định nêu trên và hồ sơ thực tế, trường hợp trước khi chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chính sách DNCX, công ty thực hiện xác định tài sản,vật tư, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu còn tồn kho và đã nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu theo yêu cầu của cơ quan Hải quan (có chứng từ nộp thuế GTGT theo quy định) nếu tài sản, vật tư, hàng hóa này vẫn tiếp tục phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT sau chuyển đổi thì công ty được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đã nộp khâu nhập khẩu tương ứng với phần giá tri còn lại của tài sản cố định, vật tư, hàng hóa nêu trên theo quy định.