Tổng cục Thuế nhận được công văn của Cục Thuế tỉnh Hà Nam, Cục Thuế tỉnh Phú Yên, Cục Thuế tỉnh Quảng Nam, Cục Thuế tỉnh Đồng Nai hỏi về chính sách thuế GTGT đối với doanh nghiệp khi chuyển đổi thành doanh nghiệp chế xuất. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết của doanh nghiệp khi chuyển đổi thành doanh nghiệp chế xuất (DNCX).

Tại khoản 7 Điều 1 Luật Thuế GTGT số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 13 Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 quy định các trường hợp hoàn thuế GTGT như sau:

“3. Cơ sở tính doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.”

Đề nghị Cục Thuế căn cứ các quy định nêu trên và tình hình thực tế để xử lý theo quy định.

2. Về số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu.

a) Tại khoản 13 Điều 1 Luật Quản lý thuế số 21/2012 sửa đổi, bổ sung Điều 47 Luật Quản lý thuế số 78/2006 quy định số tiền thuế nộp thừa như sau:

“Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế trong thời hạn mười năm, kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau; hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo; hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.”

b) Tại khoản 64 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Điều 131 Thông tư số 38/2015/TT-BTC về Thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa:

“Tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được xác định là nộp thừa theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế ngày 29 tháng 11 năm 2006 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 13 Điều 1 Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế ngày 20 tháng 11 năm 2012; điểm a khoản 1 Điều 29 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP.”

Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động sản xuất kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và không hưởng chính sách doanh nghiệp chế xuất thực hiện chuyển đổi sang doanh nghiệp chế xuất thì kể từ thời điểm doanh nghiệp được hưởng chính sách doanh nghiệp chế xuất theo quy định của pháp luật (doanh nghiệp chế xuất được quy định trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc trong văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền trong trường hợp không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư), nếu doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu thì đề nghị doanh nghiệp chế xuất thực hiện theo quy định được trích dẫn nêu trên và pháp luật có liên quan.