Căn cứ Điều 25, Phụ lục 7, Thông tư số 22/2016/TT-BCT hướng dẫn quy tắc xuất xứ trong Hiệp định ATIGA; tiếp theo công văn số 2174/TCHQ-GSQL ngày 12/04/2019 về vướng mắc C/O điện tử, Tổng cục Hải quan hướng dẫn thực hiện trong trường hợp một lô hàng có cả C/O mẫu D điện tử và C/O mẫu D bản giấy như sau:

Trường hợp C/O điện tử và C/O bản giấy đều được cấp đúng quy định nhưng có sự khác biệt thông tin giữa C/O điện tử và C/O bản giấy, cụ thể:

- Trên C/O điện tử sử dụng bảng mã đơn vị điện tử (H87, B34…) trong khi C/O giấy sử dụng bảng mã đơn vị thông thường (đơn vị như chiếc, tấn,...)

- Các thông tin trên C/O điện tử khai báo khác ô so với C/O bản giấy do yêu cầu kỹ thuật hoặc do bị nhảy ô nhưng đều giống nhau về nội dung khai báo;

- C/O điện tử khai báo bổ sung thông tin nhiều hơn C/O bản giấy do tài liệu hướng dẫn C/O điện tử yêu cầu khai báo chi tiết hơn. (Ví dụ thừa thông tin về số lượng, mô tả khai báo thêm tại ô số 7 trên C/O điện tử trong khi trên C/O bản giấy thông tin về số lượng, trọng lượng được khai báo tại tại ô số 9)

- Đối với C/O có hóa đơn thương do bên thứ ba phát hành, hóa đơn bên thứ ba Tại ô số 10 trên C/O điện tử thể hiện cả 02 hóa đơn (hóa đơn của nhà sản xuất và hóa đơn bên thứ 3) trong khi trên C/O bản giấy chỉ khai báo số hóa đơn thương mại bên thứ ba.

Trong các trường hợp này, cơ quan hải quan không phải tiến hành xác minh với cơ quan cấp C/O. Cơ quan hải quan căn cứ trên C/O mẫu D điện tử để kiểm tra tính hợp lệ của C/O và xuất xứ hàng hóa.