Tổng cục Thuế nhận được công văn của Cục Thuế TP. Cần Thơ vướng mắc về việc hoàn tiền thuế TNDN đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản của Công ty Cổ phần Seavina. Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Căn cứ hướng dẫn tại Điều 16 Thông tư số 151/2014/TT-BTC sửa đổi Điều 12 Thông tư số 156/2013/TT-BTC:

“...

4. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp

...b) Doanh nghiệp không phát sinh thường xuyên hoạt động chuyển nhượng bất động sản thực hiện khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính theo từng lần phát sinh chuyển nhượng bất động sản. Doanh nghiệp không phát sinh thường xuyên hoạt động chuyển nhượng bất động sản là doanh nghiệp không có chức năng kinh doanh bất động sản.

Hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo từng lần chuyển nhượng bất động sản là Tờ khai thuế thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản theo mẫu số 02/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.

Kết thúc năm tính thuế khi lập tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại trụ sở chính, trong đó phải quyết toán riêng số thuế thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản. Tại trụ sở chính, việc xử lý số thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản cụ thể như sau: Trường hợp số thuế đã nộp thấp hơn số thuế phải nộp theo tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp thì doanh nghiệp phải nộp đủ số thuế còn thiếu vào ngân sách nhà nước. Trường hợp số thuế đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp theo tờ khai quyết toán thuế thì được trừ (-) số thuế nộp thừa vào số thuế thu nhập doanh nghiệp còn thiếu của hoạt động kinh doanh khác hoặc được trừ (-) vào số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của kỳ tiếp theo hoặc được hoàn thuế theo quy định...”.

- Căn cứ các hướng dẫn tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC:

+ Khoản 1 Điều 58 hướng dẫn giải quyết hồ sơ hoàn thuế:

“1. Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân là người nộp thuế và có mã số thuế thì được nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của tổ chức, cá nhân đó...”.

+ Khoản 2 Điều 59 hướng dẫn về hoàn trả tiền thuế, hoàn trả tiền thuế kiêm bù trừ với khoản phải nộp ngân sách nhà nước:

“2. Đối với hoàn trả các khoản thuế khác

...b) Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác, cơ quan thuế lập và gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định cho Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi người nộp thuế đăng ký kê khai, quyết toán thuế. Cơ quan thuế phải xác định và phân bổ số tiền phải hoàn trả cho từng địa phương nơi đã thu ngân sách nhà nước, số tiền phải bù trừ cho từng địa phương nơi được hưởng nguồn thu, mỗi địa phương ghi một dòng riêng trên Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN. Kho bạc nhà nước đồng cấp trên địa bàn thực hiện chuyển toàn bộ số tiền hoàn trả cho người được hoàn trả; làm thủ tục hạch toán hoàn trả phần thuộc trách nhiệm của địa phương mình, đồng thời, chuyển chứng từ để báo Nợ cho các Kho bạc nhà nước nơi thu ngân sách nhà nước, báo Có cho các Kho bạc nhà nước nơi được hưởng nguồn thu để hạch toán hoàn trả, bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước phần thuộc trách nhiệm của các địa phương đó...”.

Căn cứ các quy định pháp luật nêu trên, trường hợp Công ty Cổ phần Seavina là đơn vị thuộc Cục Thuế TP. Cần Thơ quản lý trực tiếp, phát sinh kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại Chi cục Thuế huyện Kiên Lương, tỉnh Kiên Giang. Công ty lập tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại trụ sở chính và được Cục Thuế TP. Cần Thơ kiểm tra quyết toán thuế xác định hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại Chi cục Thuế huyện Kiên Lương không phát sinh phải nộp thuế TNDN. Theo đó, Công ty phát sinh số thuế TNDN từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản nộp thừa tại Cục Thuế TP. Cần Thơ theo tờ khai quyết toán và nếu Cục Thuế TP. Cần Thơ đã tiếp nhận và giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn của Công ty Cổ phần Seavina theo đúng các quy định pháp luật, Kho bạc Nhà nước Cần Thơ đã thực hiện chi hoàn theo lệnh hoàn do Cục Thuế TP. Cần Thơ chuyển sang, sau đó báo Nợ cho KBNN huyện Kiên Lương thì Cục Thuế TP. Cần Thơ tiếp tục phối hợp với các cơ quan quản lý thuế liên quan ra thông báo để KBNN huyện Kiên Lương tiếp nhận báo Nợ từ KBNN Cần Thơ và hạch toán hoàn trả theo quy định.