Trả lời Hiệp hội chế biến và xuất khẩu thủy sản Việt Nam về các vướng mắc, bất cập liên quan đến cắt giảm chi phí cho doanh nghiệp trong lĩnh vực tài chính của các doanh nghiệp chế biến và xuất khẩu thủy sản Việt Nam. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

1. Vướng mắc về kê khai phế liệu, phế phẩm theo hướng dẫn của thông tư số 38/2015/TT-BTC và Thông tư số 39/2018/TT-BTC:

Về thủ tục kê khai nộp thuế đối với phế liệu, phế phẩm của hàng gia công xuất khẩu chuyển tiêu thụ nội địa, ngày 25/12/2018, Tổng cục Hải quan đã có Công văn số 7565/TCHQ-TXNK gửi Cục Hải quan tỉnh thành phố: theo đó, doanh nghiệp thực hiện kê khai, nộp thuế theo từng lần (trước khi xuất hóa đơn tiêu thụ nội địa) hoặc khai theo tháng và gửi đến cơ quan hải quan thông qua hệ thống chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 04 Phụ lục IIa ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC. Trường hợp thực hiện trên hồ sơ giấy, doanh nghiệp khai theo mẫu số 06/BKKTT/TXNK phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC.

Như vậy, thủ tục kê khai và thời điểm nộp thuế đối với phế liệu, phế phẩm của hàng gia công xuất khẩu chuyển tiêu thụ nội địa đã thống nhất với thủ tục kê khai, nộp thuế của hàng sản xuất xuất khẩu (Tổng cục hải quan đã có Công văn số 4344/TCHQ-TXNK ngày 01/7/2019 hướng dẫn các Cục Hải quan tỉnh, thành phố).

2. Đối với bất cập về nộp thuế của phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công, sản xuất xuất khẩu (SXXK) cho 2 cơ quan quản lý nhà nước về thuế của Bộ Tài chính:

Nội dung này đã được Bộ Tài chính tổng hợp tại dự thảo Nghị định sửa đổi Nghị định số 134/2016/NĐ-CP. Dự thảo Nghị định hiện đang được trình Chính phủ xem xét ký ban hành theo quy định.

3. Kiến nghị Bộ Tài chính xem xét sửa đổi lại quy định tại Khoản 3, điều 8 của Nghị định 20/2017/NĐ-CP và trình Chính phủ thông qua sớm:

- Hiện nay, Bộ Tài chính đã trình Chính phủ để kịp ban hành Nghị định sửa đổi bổ sung Khoản 3 Điều 8 Nghị định số 20/2017/NĐ-CP về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết cho phù hợp với thông lệ quốc tế và thực tiễn tại Việt Nam nhằm tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp.

- Đối với các kiến nghị khác, hiện Bộ Tài chính đang chủ trì dự thảo Nghị định thay thế Nghị định 20/2017/NĐ-CP để thực hiện đồng bộ với Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2020. Theo quy định tại Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật, Bộ Tài chính sẽ đăng dự thảo lên cổng thông tin điện tử trong quý 2 năm 2020 để lấy ý kiến rộng rãi cộng đồng doanh nghiệp.

4. Kiến nghị Bộ Tài chính có ý kiến với Bộ khoa học và Công nghệ cũng như sớm có văn bản hướng dẫn doanh nghiệp và các cơ quan thuế địa phương để làm rõ mốc tính “thời hạn 5 năm ” của khoản trích lập quỹ khoa học công nghệ

Theo quy định tại Khoản 3 Điều 14 Thông tư số 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC về hướng dẫn nội dung chi và quản lý quỹ phát triển khoa học và công nghệ của Doanh nghiệp:

“Điều 14. Xử lý Quỹ khi doanh nghiệp không sử dụng, sử dụng không hết và sử dụng không đúng mục đích

…

3. Trong thời hạn 05 năm, kể từ khi trích lập, tổng số tiền đã sử dụng và số tiền nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế không hết 70% số quỹ đã trích lập kể cả nhận Điều chuyển (nếu có) thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên số tiền Quỹ còn lại và phần lãi phát sinh từ số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp đó.”

- Tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 9 và Khoản 1 Điều 11 Nghị định số 95/2014/NĐ-CP về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động khoa học công nghệ quy định:

“Điều 9. Trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp

1. Doanh nghiệp nhà nước hàng năm phải trích từ 3% đến 10% thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp để lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

2. Doanh nghiệp ngoài nhà nước được quyền trích từ thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp một tỷ lệ hợp lý, tối đa 10% để lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.”

“Điều 11. Quản lý quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

1. Hàng năm doanh nghiệp phải lập báo cáo việc trích, sử dụng Quỹ, gửi đến cho cơ quan thuế nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế thu nhập doanh nghiệp, Sở Khoa học và Công nghệ và Sở Tài chính. Thời hạn nộp cùng thời điểm nộp báo cáo quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.

…”

Căn cứ quy định nêu trên thì hàng năm doanh nghiệp trích lập Quỹ phát triển khoa học công nghệ khi xác định thu nhập tính thuế TNDN của doanh nghiệp theo quy định. Doanh nghiệp căn cứ vào thời điểm trích lập Quỹ phát triển khoa học công nghệ để theo dõi việc sử dụng Quỹ hoặc tính thuế TNDN, tính tiền chậm nộp đối với số Quỹ phát triển khoa học công nghệ không sử dụng hoặc không sử dụng hết 70% trong thời hạn 05 năm kể từ khi trích lập.