Tổng cục Thuế nhận được công văn của Cục Thuế tỉnh Hà Nam, Cục Thuế tỉnh Đồng Nai về hoàn thuế GTGT đối với doanh nghiệp khi chuyển thành doanh nghiệp chế xuất. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Căn cứ quy định tại Điều 4 và Điều 5 Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 quy định người nộp thuế và đối tượng không chịu thuế GTGT;

2. Căn cứ quy định tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật số 31/2013/QH13) quy định về hoàn thuế GTGT;

3. Căn cứ quy định tại Điều 2 và Điều 9 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP về người nộp thuế và khấu trừ thuế GTGT đầu vào;

4. Căn cứ Điều 3, khoản 20 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC về người nộp thuế và đối tượng không chịu thuế GTGT;

5. Căn cứ khoản 3 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung theo khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC) hướng dẫn về hoàn thuế GTGT.

Về nguyên tắc, doanh nghiệp chế xuất không phải người nộp thuế GTGT. Tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT, doanh nghiệp đã chuyển thành doanh nghiệp chế xuất thì dự án đầu tư của doanh nghiệp không thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT.

Đối với doanh nghiệp thực hiện chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp (chuyển đổi theo quy định của Luật Doanh nghiệp), được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 3 Điều 13 Luật số 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung theo khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành. Việc chuyển từ doanh nghiệp thông thường sang doanh nghiệp chế xuất không thuộc các trường hợp chuyển đổi doanh nghiệp theo quy định tại Luật Doanh nghiệp.

Đề nghị các Cục Thuế kiểm tra, rà soát tình hình thực tế và phối hợp với cơ quan có thẩm quyền để xác định các doanh nghiệp là doanh nghiệp chế xuất hay không phải là doanh nghiệp chế xuất làm căn cứ xử lý việc kê khai, khấu trừ và hoàn thuế theo quy định.